In Shin Megami Tensei: Devil Survivor 2 il Giappone è nuovamente in pericolo, misteriosi invasori chiamati Septentriones attaccano dapprima Tokyo e poi altre città del Giappone come Osaka e Nagoya. Un misterioso sito annuncia la morte delle persone prima che avvenga e ne mostra la causa e il momento, il protagonista vede la propria morte sul sito, investito da una metrò, e riesce ad evitarla, così decide di aiutare i suoi amici e altre persone e in qualche modo finirà invischiato negli avvenimenti che stanno accadendo in Giappone.
Si troverà cosi a dover affrontare giorno per giorno l’invasore che attaccherà il Giappone, ogni giorno uno diverso da sconfiggere, per un totale di sette giorni e sette invasori.
