Tutto sta venendo trasformato in 3D dai personaggi agli sfondi, mentre Amaya lavora agli sprites Nicalis sta effettuando la conversione 3D e nel frattempo l’Orange County realizza disegni e modelli ortografici che poi passano nelle mani di Amaya per l’approvazione. Amaya afferma che tutto è come lo aveva immaginate ed aggiunge che inoltre sul 3DS il gioco avrà una ambientazione che ricorderà davvero una grotta e darà la sensazione di essere davvero in una grotta. Ci viene detto anche che come le versioni WiiWare e DSiWare anche Cave Story 3D avrà qualche nuova caratteristica, le musiche saranno sia originali che prese dagli altri remake ad eccezione di quello PC, cosi dice Amaya potremo trovare aree uguali a quelle del DSi o della Wii, ma anche zone nuove e se un area è uguale potremmo comunque trovarci una musica nuova, questo secondo Amaya dovrebbe aumentare la varietà dei livelli e la loro originalità.
Con i seguenti screen (e il primo in alto) potete confrontare le differenze tra Cave Story e Cave Story 3D.
Il gioco è previsto, per il Nord America, per la finestra di lancio del 3DS, il che vuol dire che si tratterà di un gioco di poco successivo ai giochi di lancio della console.