Alcuni dei puzzle una volta completati diventano animati. Ritornano anche modalità più avanzate e complesse come il Picross e il Mega Picross con un totale di 300 puzzle, con 150 puzzle per ciascuna categoria. Tornerà anche Clip Picross, una modalità presente in un gioco spin-off della serie con altri 150 puzzle.
In Picross S3 cu saranno alcuni miglioramenti come il Suspend Data che permette di vedere una preview del puzzle fino al punto in cui lo si è lasciato prima di ricominciarlo. Se si gioca in più persone un piccolo marker indicherà con colori diversi chi ha riempito la casella.