Non esiste ancora una versione di Pokémon per 3DS, ma solo degli spin-off. Ora sta arrivando un nuovo gioco, un Pokémon Mystery Dungeon. Pokémon Mystery Dungeon: Magnagate and the Infinite Labyrinth ha un protagonista che è diventato Pokémon in un sogno e tutti i Pokémon delle ultime versioni del serie. Il gioco potrà utilizzare anche la fotocamera del 3DS per scannerizzare degli oggetti che apriranno le porte di nuovi dungeon, trasformando gli oggetti stessi in portali per i dungeon.
Come tutti i Pokémon Mystery Dungeon anche Pokémon Mystery Dungeon: Magnagate and the Infinite Labyrinth è prodotto dalla Spike Chunsoft.
