L’intera grafica del gioco sarà in 3D con i modelli del Pokédex 3D e on Pokémon presi direttamente da Pokémon Bianco e Nero 2.
La storia ha delle similitudini con i vecchi capitoli del gioco, anche qui in qualche modo si viene trasformati in un Pokémon e si finisce in uno strano mondo. I pokémon tra cui scegliere inizialmente sono Pikachu, Axew, Snivy, Oshawott e Tepig, e tra questi si può scegliere anche il primo partner.
Pokémon Mystery Dungeon: Magna Gate and the Infinite Labyrinth sarà disponibile in Giappone dal 23 Novembre. Maggiori informazioni su Pokémon Mystery Dungeon: Magna Gate and the Infinite Labyrinth.