Il carroarmato possiede anche alcune sub-weapons per distruggere qualsiasi nemico che si parerà davanti in ogni livello. Anche Jason possiede nuove abilità, ora può controattaccare i suoi nemici, o incatenare attacchi multipli se si ha il giusto tempismo.
Blaster Master Zero 2 è ambientato nello spazio aperto, e si potrà esplorare molto di più che in passato viaggiando tra la galassia e atterrando su moltissimi pianeti o suo planetoidi che vi orbitano intorno. Esplorando sarà possibile trovare nuovi oggetti per migliorare sia il carroarmato Gaia-Sophia che Jason.
Nel gioco sono inoltre presenti droidi di supporto e anche altri piloti che possono diventare sia buoni alleati che pessimi nemici.