Il sistema di password di Metroid permette da sempre di sperimentare password casuali per vedere cosa succede nel gioco, già ai tempi del NES in molti provavano password inserendo parole di senso compiuto ottenendo a volte bizzarri risultati. Una delle password già nota ai tempi del NES è stata provata anche sul 3DS, ma mentre sul NES faceva semplicemente partire il gioco in modo strano, permettendo di muoversi solo ed unicamente nella prima stanza del gioco, per il 3DS l’effetto è diverso. Si ottiene un blocco del gioco risolvibile solo con un hard reset della console.
Qualcuno pensa che questo difetto possa aprire la strada per l’avvio di un qualche software non ufficiale in grado di modificare il sistem menu ed aprire la strada per gli homebrew, e di conseguenza quindi anche la pirateria.