Il secondo gioco a cui ci si riferiva durante la conferenza Nintendo quandos i parlava di due nuovi titoli legati al mondo Pokémon sarà un nuovo Pokédex 3D. Il Pokédex 3D Pro conterrà tutti i Pokémon conosciuti, e non sarà necessario sbloccarli per poterli utilizzare, saranno già tutti disponibili. Come nel vecchio Pokédex 3D potremo scoprire tutte le informazioni di ogni Pokémon e potremo fotografarli ovunque vogliamo grazie alla funzione AR. A differenza del Pokédex 3D però il Pokédex 3D Pro sarà a pagamento, anche se non se ne conosce ancora il prezzo.
Pokédex 3D Pro sarà disponibile in contemporanea con Pokémon Bianco 2 e Pokémon Nero 2 per DS.