La Index Corporation, una compagnia che raccogli in essa diverse compagnie, tra cui anche la Atlus, ha cominciato una procedura chiamata civil rehabilitation procedures che è l’equivalente Giapponese della bancarotta, la procedura è cominciata il 27 Giugno dopo un’investigazione per frode. La bancarotta ammonterebbe a 2,45 miliardi di Yen, ma questo non bloccherà il lavoro di Atlus. La procedura dovrebbe garantire alla compagnia di continuare il suo lavoro finche i debiti non siano del tutto estinti, tramite investitori o qualche compagnia che la acquisti ripagando i debiti.
Probabilmente potrebbero avvenire delle cessioni delle sottocompagnie per ripagare i debiti della compagnia madre, quindi non è improbabile che Atlus possa essere assorbita da qualche altra azienda nel campo dei videogame.