Le caratteristiche principali del gioco sono le medesime del primo capitolo, tipiche per lo più di Mystery Dyungeon, la raccolta di oggetti sulla mappa, le mappe create in modo casuale, le case dei mostri, le armi migliorabili, le trappole e molto altro.
Etrian Odyssey Mystery Dungeon 2 inoltre aggiunge nuovi elementi, in particolare ci sono nuove classi per i personaggi, Pirata, Monaco e Kenkaku, rimane la possibilità di creare il proprio personaggio, le quest e i combattimenti con potenti boss, e molto altro ancora.
Etrian Mystery Dungeon 2 arriverà in Giappone il 31 agosto del 2017 per Nintendo 3DS.