Andando avanti potremo collezionare e fare amicizia con 750 differenti Pokémon ed utilizzarne fino a 20 in ogni dungeon che esploreremo, dungeon che saranno sempre differenti e casuali. Durante l’esplorazione dovremo risolvere anche uno strano mistero che trasforma i Pokémon in pietra, leggendari non esclusi, qualsiasi Pokémon ne può essere vittima, scoprirne la causa e risolvere il problema sarà uno dei nostri compiti principali.
Un nuovo sistema di amicizie è stato introdotto nel gioco, è chiamato Pokémon Orb e ci consente di vedere i Pokémon incontrati e i loro problemi o desideri, se riusciamo ad aiutarli diventeranno nostri amici, e cosi potremo vedere anche le connessioni di questo con gli altri POkémon, i suoi amici, ed entrare in contatto con questi per cercare di diventarne amici. Inoltre essendoci risvegliati in un Pokémon cucciolo dovremo frequentare anche la scuola dei Pokémon dove potremo entrare in amicizia coni compagni di classe e imparare dai professori Pokémon.
Pokémon Super Mystery Dungeon sarà disponibile in America verso la fine del 2015, in inverno, mentre in Europa arriverà nei primi mesi del 2016. Maggiori informazioni su Pokémon Super Mystery Dungeon.