I livelli dipendono dalla versione giocata, su 3DS avremo molti riferimenti a giochi per console portatile e su Wii U troveremo livelli presi da giochi per Wii e Wii U, potete vedere alcuni esempi nelle innumerevoli immagini. Sullo stesso principio dei livelli anche le statuine collezionabili, i cosiddetti trofei, variano tra le due versioni basandosi sui giochi per console portatili o per console fisse.
Il gioco necessiterà di un bilanciamento fatto a dovere a causa dei grandi parametri da tenere in considerazione, ad esempio l’arco di Pit e quello di Link hanno gittata, velocità, danni e precisioni differenti, se sparate contemporaneamente le due frecce si annulleranno, ma ciò avverrà molto più vicino a Pit, allo stesso modo molti altri personaggi hanno colpi a distanza, oltre i colpi ravvicinati e le mosse speciali, quindi bilanciare il tutto sarà forse uno dei lavori più lunghi in tutta la realizzazione del gioco.
Alcune mosse inoltre se sovraccaricate potrebbero danneggiare se stessi e non gli avversari, quindi bisognerà prestare molta attenzione nel dosare e caricare i colpi speciali.
Sono stati poi cambiati alcuni aspetti riguardanti l’appendersi ai bordi delle passerelle, per evitare alcuni bug delle versioni precedenti.
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