Una delle modifiche più importanti va a modificare la connettività che il GameCube poteva avere con il GameBoy Advance. Durante il gioco si incontra Tingle che dona a Link un Tingle Tuner che serviva per ricevere supporto da altri giocatori tramite la connessione con il GameBoy Advance. Nella nuova versione Tingle darà a Link la Tingle Bottle, una bottiglia che permette di lanciare un messaggio in mare, che magicamente arriverà su MiiVerse, se il messaggio riceverà delle risposte il giocatore riceverà delle bottiglie in gioco per poter leggere il messaggio di risposta. Nel messaggio in bottiglia potranno essere inclusi sia testo che immagini disegnate a mano, o screenshot del gioco.
I controlli del gioco sono stati modificati per adattarli anche al Wii U GamePad, uno degli utilizzi principali sarà quello di poter utilizzare la bacchetta del vento direttamente dallo schermo del Wii U GamePad.
Maggiori informazioni su The Legend of Zelda: The Wind Waker HD.