Per rendere più facile il gioco per i principianti sono state aggiunte alcune funzioni nuove non presenti nei giochi originali, ad esempio sarà possibile salvare ovunque e saltare alcune battaglie con avversari troppo difficili o troppo facili da combattere. Dopo aver finito il gioco è possibile utilizzare tutte le parti accumulate dall’inizio o usare parti mitiche anche se normalmente non potrebbero essere usate durante la storia principale. Il Medalbum registra tutte le parti che si sono collezionate permettendo di consultarne sempre tutte le caratteristiche associate. È presente un multiplayer locale che permette di giocare battaglie in wireless o di scambiare i pezzi.
Sarà disponibile anche una versione limitata chiamata 20th Anniversary Edition che conterrà entrambe le versioni del gioco, un CD con 20 tracce scelte tra i primi cinque giochi e un libro con 520 illustrazioni, al costo di 12000 yen.
Medabots Collections arriverà in Giappone il 21 dicembre 2017 per Nintendo 3DS.