Per giocare ci si dovrà alternare tra Mario e Luigi e Bowser, quest’ultimo si potrà anche ingrandire per affrontare alcuni scontri, che si effettueranno ruotando il 3DS per utilizzare entrambi gli schermi come se fosse un solo schermo più grande.
Il gioco avrà anche nuovi contenuti, come accaduto per Mario & Luigi Superstar Saga + Scagnozzi di Bowser, ci sarà una storia inedita che coinvolge Bowser Junior e che mostra i retroscena della storia, dando il così al gioco il nome di Mario & Luigi Viaggio al Centro di Bowser + Le Avventure di Bowser Junior. Il gioco arriverà per Nintendo 3Ds nel 2019.