Ogni unità ha i suoi punti di forza e le sue debolezze, e lo stesso dovrebbe essere per i capitani tra cui si può scegliere una volta che si sono sbloccati in gioco.
Mario & Luigi: The Superstar Saga + Bowser’s Minions è compatibile anche con gli Amiibo, al momento pare che si possa utilizzare quello di Boo e i nuovi Amiibo che arriveranno insieme con il gioco. Goomba e Koopa Troopa.
In Mario & Luigi: The Superstar Saga + Bowser’s Minions sono stati fatti molti altri piccoli miglioramenti, dalla grafica agli effetti di luce in 3D, migliorando anche l’interfaccia e la mappa, in cui si possono mettere dei segnalini per ricordarsi luoghi in cui ritornare in un secondo momento.
Mario & Luigi: The Superstar Saga + Bowser’s Minions arriverà su Nintendo 3DS il 6 ottobre 2017.