Nintendo aveva annunciato a Gennaio che l’eShop online del 3DS non avrebbe funzionato con le vecchie schede prepagate per DSi e Wii, ma avrebbe avuto un sistema, che ancora non è stato spiegato del tutto, che funzionerà come i più comuni tipi di acquisti online, tramite carta di credito e simili. Non tutti gli utenti del 3DS però avranno a disposizione carte di credito o conti online da cui prendere soldi per pagare eventuali spese per i propri acuisti, pensate ai minorenni che dovrebbero chiedere ai propri genitori ed essere comunque moderati e monitorati da questi per gli eventuali acquisti online.
Per ovviare a questi problemi Nintendo promette che verrà ideato un sistema di carte prepagate anche per il 3DS, anche se non è stato dichiarato ancora quale importo avranno ne come si chiameranno.