Il mondo e i personaggi sono tutti in 3D e ci si può muovere liberamente in esso. Nella modalità RPG si possono formare gruppi di tre personaggi per combattere i nemici, si combatte cancellando i puyo e mandando agli avversari i degli ojama puyo che infliggono danni.
Oltre la modalità RPG si può anche giocare alle modalità classiche di Puyo Puyo, ben 17 differenti modalità da ogni gioco della serie. È inclusa anche la modalità Boss Fight With Everyone che permette a quattro giocatori di giocare insieme contro i boss del gioco, in questa modalità si combatte come in quella RPG, ma inoltre c’è uno Chance Times che una volta raggiunte certe condizioni fa entrare in un Fever Mode che arreca danni massicci all’avversario.
Nella modalità RPG ci sono moltissime quest principali che portano avanti la storia e 60 subquest minori. Non manca inoltre una modalità online in cui si possono giocare parte delle 17 modalità, ma non tutte, contro giocatori da tutto il mondo.
Al lancio del gioco, l’8 Dicembre del 2016 in Giappone, sarà disponibile anche un’Anniversary Box che include le sound track per il 25 anniversario, le vocal track dell’anniversario, un CD e un tema per il 3DS.
