Per ciò che riguarda la storia sappiamo che il gioco è ambientato in un lontano futuro, dopo alcuni cambiamenti sul pianeta terra, dapprima la terra è verdeggiante e ricca di specie differenti, ma dopo una guerra il pianeta ricade in un’era glaciale e i sopravvissuti sono costretti a nascondersi nel sottosuolo, attendendo la fine dell’era glaciale e preparandosi tecnicamente a ripristinare il pianeta per riportarlo al suo splendore. E così avverrà quando la terra sarà finalmente libera dai ghiacci, anche se nel frattempo una misteriosa cometa si è schiantata sulla terra, senza però influire sul ripristino dell’ecosistema.
Dopo parecchi secoli ha luogo la vera e propria storia del gioco, un giovane genio ed esperto di ingegneria robotica chiamato Jason Frundnick si imbatte in una creatura sconosciuta e la osserva incuriosito per qualche tempo fino a che essa scappa e lui la insegue fino ad un luogo in cui l’attende uno strano veicolo che con scritto “SOPHIA 3rd” sulla sua fiancata, il veicolo si trova all’ingresso del luogo sotterraneo in cui l’umanità ha vissuto durante l’era glaciale. Jason finirà con l’entrare nel veicolo e partire insieme alla strana creatura in un’avventura nel mondo sotterraneo.
Blaster Master Zero sarà pronto per Nintendo 3DS nella primavere dal 2017.